小程序里其实也是可以调用WebSocket，不过看样子携程里的不是自已用Html5的websocket自已造的

先说说携程的技术实现。

首先，看小程序里的在线客服的界面和体验，应该是使用的微信提供的客服接口（也是直接对接的是微信的即时通讯通道）：
这在公众号里也是一样的，这一块从技术上讲不需要你去实现，只需要调用微信的JS接口，然后服务端通过微信提供的回调，可以得到用户发过来的消息。通过服务端的小程序api也是能推给用户客服消息。

所以这一块的技术，携程能做成什么样你就能做成什么样，说白了是微信的接口使用而已。

其次，你说希望跟你的APP端互通，这普通的办法肯定是不行，微信不会提供给你APP直接跟小程序里的应用直接通信的通力，但可以通过中转实现：
也就是你需要一个独立的IM服务器，能实现你APP端的IM功能。这一步做好后，再来考虑跟微信的消息互通问题。

关于实现APP端的IM技术，可以看看MobileIMSDK能不能满足你的要求：https://github.com/JackJiang2011/MobileIMSDK